WordPressのカスタムメニューはテンプレートにwp_nav_menuを使って配置するだけで
簡単に設置できるのが魅力。
こいつはバージョン3.0.0以降から追加されたとても便利なもの。
パラメータも豊富で、出力するHTMLをそれなりに制御はできるんですが
「わけのわからんClassとかなんかウゼエ」って場合にどうすんだ、というお話です。

まずはWordpress私的マニュアル様の記事で基礎を勉強。
http://elearn.jp/wpman/function/wp_nav_menu.html

ここでパラメータをある程度把握すれば配置も簡単です。
header.phpあたりに

<?php wp_nav_menu( array('menu' => 'xxx' )); ?>

と書いてやればそれでOK。
パラメータの書き方は上記を参考にしてカンマ区切りで増やしていけばOKです。
たとえば、HTML5で作ってる際はやっぱりnavで囲みたい、って時は

<?php wp_nav_menu( array('container' => 'nav' )); ?>

と書いてやればいいのです。

ただこのままだとliタグ周りにスゴイ数のclassが付くんですよね。
これはパラメータだけでは制御できないので、function.phpで
カスタムメニューの表示方法を再定義する、という方法を見つけました。

まずはfunctiom.phpに

class My_Walker_Nav_Menu extends Walker_Nav_Menu {

// ※ここにカスタマイズを書き込んでいく。

}
add_filter( 'wp_nav_menu_args', 'my_nav_menu_args' );
function my_nav_menu_args( $args ) {
  $args = (object) $args;
  $args->walker = new My_Walker_Nav_Menu;
  return $args;
}

と最後尾にでも書き込みます。

で、今回はwp_nav_menuの表示方法を変えてみます。
カスタムメニューの中のliタグのクラスを排除して、
中のaタグにカテゴリIDを付加したmmneuというIDを出力する方法です。

function start_el(&$output, $item, $depth, $args) {
global $wp_query;
$indent = ( $depth ) ? str_repeat( "\t", $depth ) : '';
$class_names = $value = '';
$classes = empty( $item->classes ) ? array() : (array) $item->classes;
$classes[] = 'menu-item-' . $item->ID;
$class_names = join( ' ', apply_filters( 'nav_menu_css_class', array_filter( $classes ), $item, $args ) );
$class_names = ' class="' . esc_attr( $class_names ) . '"';
$id = apply_filters( 'nav_menu_item_id', 'menu-item-'. $item->ID, $item, $args );
$id = strlen( $id ) ? ' id="' . esc_attr( $id ) . '"' : '';
$output .= $indent . '<li>';　//liタグの出力をシンプルにします。
$attributes  = ! empty( $item->attr_title ) ? ' title="'  . esc_attr( $item->attr_title ) .'"' : '';
$attributes .= ! empty( $item->target )     ? ' target="' . esc_attr( $item->target     ) .'"' : '';
$attributes .= ! empty( $item->xfn )        ? ' rel="'    . esc_attr( $item->xfn        ) .'"' : '';
$attributes .= ! empty( $item->url )        ? ' href="'   . esc_attr( $item->url        ) .'"' : '';
$item_output = $args->before;

//ここ以下でaタグの出力をカスタマイズします。
$item_output .= '<a id="mmenu'. $item->ID .'" ' . $attributes .'>';
$item_output .= $args->link_before . apply_filters( 'the_title', $item->title, $item->ID ) . $args->link_after;
$item_output .= '</a>';
$item_output .= $args->after;
$output .= apply_filters( 'walker_nav_menu_start_el', $item_output, $item, $depth, $args );
}
}

という記述を、さっきの// ※ここにカスタマイズを書き込んでいく。って所に書き加えると
liタグの中のaタグのIDにmmenu○○というカテゴリIDが入ったものが出力されます。

文字置き換えメニューで背景画像をjQueryで制御する場合なんかは便利ですね。

今回、参考になったのはこちらのサイトです。
http://d.hatena.ne.jp/deepskyblue/20110412/p1

（これで次回、同じ作業する時には忘れなくて安心です）